Diyarbakır Ulu Camii’nin her kadim eser gibi gizemli bir yanı da var. Asırlar geçince aradan, silinen, kaybolma ve gölgede kalan gerçeklerin rivayetlere karışması kaçınılmaz belki de. Şehir639’da Araplar tarafından fethedildikten sonra Mar Toma Kilisesi’nin Ulu Camiye dönüştürüldüğü bilgisi sözgelimi, hem Batı hem de Türk kaynaklarında yer alıyor ancak biraz temkinli bir bakış farklı bir gerçeği ortaya çıkarabilir. Günümüzdeki koruma-onarım uygulamaları sırasında Hanefiler bölümünde ve doğu cephesinde kalıntıları kısmen açığa çıkarılan bir kilise olduğu biliniyor fakat Ulu Cami’nin o kiliseden dönüştürüldüğü fikrine kuşkuyla yaklaşanlar var. Dönemin Hıristiyan kaynaklarında 629 yılında Heraclius tarafından yapılan şehrin en büyük kilisesinin fethin akabinde ve daha sonraki yıllarda açık yazılı mesela. Batılı akademisyen Creswel de Diyarbakır Ulu Cami’nin avlu revakların da görülen sivri kemerler ile camide bulunan üç sahn un yükseklik ve genişliklerinin nerdeyse birbirine eşit olması gibi, o dönem Hıristiyan mimarisinde görülmeyen özelliklere işaret ederek, Diyarbakır Ulu Camii’nin kiliseden çevrilme bir yapı olamayacağını savunuyor. Revaklı avlu duvarı üzerinde yer alan 1091 tarihli kitabedeki..’’Melikşah yapılmasını emretti’’ ifadesine dayanarak gösterilen Creswel’e göre, 1082’de Şam Emeviye Camii’nin çökmüş olan kubbesi ile payelerini yeniden yaptırdığı bilinen Melikşah, Diyarbakır Ulu Camii’nin de Şam Emeviye Camii’ne benzeterek inşa ettirmiştir.Bu bilgi Ulu Camii ile Emeviye Camii arasındaki benzerliğe bir açıklama getirmesi bakımından da önemli aynı zamanda.